今回のポイント
Q:労使協定の保存期間は?
A:完結の日を起点として3年間である。
労使協定の保存期間
以下の記事で解説していますが、労使協定の保存期間は、完結の日を起点として3年間です。
起点となるのは、作成日ではなく完結の日なのでご注意ください。
労使協定の自動更新と完結の考え方

労使協定の中には有効期間の定めが必要なものがあり、実務的には「期間満了前に一方からの特段の申出がない限り、同じ期間更新する」といった自動更新の定めを置くことが多いです。
更新されている労使協定は完結していません。その労使協定が破棄される、または新しい労使協定が締結されたとき、ようやくその労使協定は完結することとなり、その時点から3年間の保存義務が課されることになります。

確かに3年間と覚えていても、起点がわからないと意味がないですよね。作成の日からって誤解しそうです。

ですね。だからこそ、イメージでふわっと知っておくのではなく、法律をきちんと読み理解しておくことが大事なんです。
人事労務に関係する書類の保存期間については以下をご参考ください。